SAM development

CLAVATA3 : express in central zone of shoot apical meristem, mutation of CLAVATA3 will lead to enlargement of SAM and over proliferation of cells in central zone.  Knock down CLAVATA3 by RNAi inducible system, shows that CLAVATA3 play a key role in determine the boundary of central zone and peripheral zone within the meristem.

FON4: ortholog to CLAVATA3 in Oryza Sativa, mutation of FON4 will increase stamen and carpel number, and it will affect floral development in rice. However, FON4 may have different function as comparing to CLAVATA3.

CLE motif:     a molecular paly a key role in extracellular signaling transduction pathway, CLE-mediated signalling pathway seems to affect lot's of plants development in whole life cycle.

Difference between miRNA and siRNA and RNAi

miRNA即為microRN
是由 DNA noncoding region 轉錄而來的單股RNA (目前發現大多是來自UTR)，
先於細胞核內形成Pri-microRNA，
之後經過酶切處理成莖環結構形成pre-microRNA，
依靠酶(Exprotein-5)的幫助運出細胞核外，
出細胞核後，會被RNAase III(Dicer)處理形成成熟的mi-RNA，
mi-RNA很快與 RISC [RNA誘導沉默複合體(RNA-induced silencing complex)]結合，
解旋成單鏈，抑制基因的表達(binding with mRNA)。

siRNA
為雙股的RNA，不同於miRNA是由內源non-coding region 產生，
siRNA多是由於外源物質產生(病毒)，
此外，siRNA在細胞質內可直接與Dicer作用，剪成小分子RNA片段(仍是雙股)，
與RISC結合後，解旋成單股，即產生有功能的RNAi，抑制基因的表達。

與miRNA很大的不同是，miRNA會與RISC結合，
抑制Ribosome進行轉譯，但siRNA則是進行mRNA cleavage，直接將mRNA降解掉。

故在siRNA也被利用在基因的knockdown方面，
只要是已知的基因序列，都可做成siRNA，
利用transfection技術轉到植物細胞內，
針對特定基因knockdown!
這種loss of function 比傳統gain of function 更有效率!